O Agrupamento de Escolas de Mafra foi homologado por Despacho da Sra. Diretora Regional de Educação de Lisboa, em 17 de maio de 2004,  resultando da verticalização dos antigos Agrupamentos de Escolas de Mafra, Agrupamento de Escolas das Freguesias de Igreja Nova, Cheleiros e Alcainça com a Escola Básica dos 2.º e 3.º Ciclos de Mafra, sendo constituído, inicialmente, por 21 estabelecimentos de educação e ensino.

Na presente data, são 9 os estabelecimentos de educação e ensino pertencentes a este agrupamento de escolas, abrangendo a Educação Pré-Escolar e o Ensino Básico distribuídos pela Freguesia de Mafra, União das Freguesias de Igreja  Nova e Cheleiros, União das Freguesias da Malveira e São Miguel de Alcainça e União das Freguesias de Azueira e Sobral da Abelheira, todas pertencentes ao concelho de Mafra.